這篇談談樂譜的實際應用問題。
我在上文曾估計《茂軒譜》所收的曲譜，大概應屬68板的傳統曲式（《馬頭調》全無標記，不在討論之列）。然而當我嘗試把有標記的五曲譯為簡譜時，細數板數之下才發覺《秋雲鴈字》、《寡婦訴冤》和《小桃紅》都只見到67個頭板標記。《比目魚》只見到65個頭板標記。另外《月兒高》一曲，由於公開網站並沒有將原書拆除釘裝線後才掃描，在釘裝線之下的頁邊內容未能清楚顯示，只能勉強辨認出61個頭板標記（請參看上篇的樂譜截圖）。因此，沒有一首樂譜可以數齊68個頭板標記！當中《秋雲鴈字》未能明確判斷是在哪處漏了一個頭板標記；《寡婦訴冤》有一處頁面殘破，令該處可能有的一個頭板標記遺失了，位置也未能確定；《小桃紅》所遺漏的一個頭板標記則較容易補回（見下文）；《比目魚》有兩個遺漏的頭板標記也較容易補回，但即使補回，仍欠一個頭板標記；至於《月兒高》因遺漏或被遮蓋的頭板標記較多，樂曲的板位難以完全確定。雖然各曲的頭板標記不齊全，我仍認為這五首曲子都應是68板的。遺漏板標記多少也反映了此譜的編輯質量未如理想。曲譜板位不清和板數不足，雖不致於完全不能應用於彈奏，但終會導致錯繆。
此外，各譜中的工尺譜字跟琵琶圖式中的工尺譜字並未能完全一一對應。例如譜中經常出現的「合」二字，不見於琵琶圖式。下面以《小桃紅》曲譜為例，就上述情況具體說明：
《小桃紅》譜中可以明確找到的頭板標記有67個，漏掉的一個應是上圖紅色方框顯示的第63個標記。補回後，這就是一個完整的68板的曲譜。譜中的「合」字，不見於琵琶圖式，如第2板的「合」字。乃因傳統工尺譜字「六」也可作「合」字（見琵琶圖式一線五品）。第4板藍框內右方的「合」字，則可以是空一線的「合」（見琵琶圖式一線空絃），為免跟左方空戰線低八度的「合」譜字符號完全相同，故把空一線的「合」用本字（即例言所說的「如字」表示）；也可以是一線五品的「合」。第16板的「合」，可以是空一線的「合」，也可以是一線五品的「合」，按其前後音高推斷，應以前者較恰當，譜中其餘「合」字的情況，可以類推。第16板和第17板的兩個橫寫的「五」，不見於琵琶圖式，乃因傳統工尺譜字「四」也可作「五」（見一線一相）。第43板橫寫的「士」和加了偏旁的「士」，不見於琵琶圖式，乃因傳統工尺譜字「乙」也可作「士」（見一線三相和戰線三相）。琵琶圖式和實際譜本工尺譜字未能一一對應，又無說明，其粗疏之處可見一斑。由於某些譜字有多於一種寫法，上述不對應並非錯誤，而是有欠嚴謹，容易造成混淆。如果琵琶圖式和各譜本所用的所有工尺譜字都能完全對應，包括如第15板橫寫「上」字和第17板橫寫人字旁的「凡」字等特殊寫法能都校對清楚，譜本的實用價值會有所提升。
此外，例言列出左右手指法共十種，但在曲譜中超過一半的指法標記都沒有蹤影，令曲譜未能充分發揮應有的功能。更有甚者，是不同的指法都用了相同或極近似的標記：即「滾」和「一格數字順彈而下」的標記相同，「泛音」和「頭板」的標記相同，「輪」和「擫指」的標記近似甚至相同。凡此種種，都令視譜彈奏者或訂譜者感到混淆不清、無所適從。
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